Да, через программу Контур-Экстерн можно подать уведомление о переходе на УСН. Есть специальная Форма 26.2-1.
Переход на УСН действующие фирмы и предприниматели осуществляют в порядке, установленном пунктом 1 статьи 346.13 НК РФ, уведомляя об этом свою налоговую инспекцию. Направить уведомление налоговикам нужно до 31 декабря календарного года, предшествующего календарному году, начиная с которого налогоплательщики переходят на «упрощенку».
Подать уведомление можно лично, направить по почте или в электронном виде. В первых двух случаях обычно используется рекомендуемая форма уведомления N 26.2-1, утвержденная Приказом ФНС России от 02.11.2012 г. N ММВ-7-3/829@ «Об утверждении форм документов для применения упрощенной системы налогообложения».
Электронный формат уведомления утвержден Приказом ФНС России от 16.11.2012 г. N ММВ-7-6/878@ «Об утверждении форматов представления документов для применения упрощенной системы налогообложения в электронной форме».
В Контур Экстерн найдите форму 26-2-1, заполните ее, подпишите ЭЦП и отправьте в ИФНС.