Есть два варианта действий:
1. Отключите распознавание типа документа, тогда документы не будут разделяться, но тип нужно будет заполнять вручную (или можно включить настройку заполнения типа документа по имени файла).
Включать/выключать настройки можно, кликнув на значок настроек в правом верхнем углу.
2. Зайдите в предпросмотр файла.
3. Пролистайте до границы между документами и нажмите кнопку «Соединить».
Точно так же можно разделить документы из нескольких страниц, если Экстерн это не сделал. В этом случае надо будет выбрать кнопку «Разделить».