Ответ эксперта
Если учитывать в составе налоговых расходов доначисленную сумму НДС, которую уплатили в бюджет и не предъявили покупателям, может возникнуть налоговый спор, исход которого предсказать невозможно.
По мнению налоговых органов, закрытый перечень случаев, когда суммы НДС могут учитываться в составе налоговых расходов, содержится в ст. 170 НК РФ (Письмо Минфина от 07.06.2008 № 03-07-11/222), которая не предусматривает возможность учета в составе налоговых расходов сумм НДС, доначисленных в результате налоговой проверки. Подобный подход поддерживают судебные решения, например, Постановление ФАС Дальневосточного округа от 15.09.2011 № Ф03-4073/2011 по делу № А80-276/2010).
Ведите бухгалтерский и налоговый учет основных средств прямо в Экстерне
В то же время существует ряд судебных решений в пользу налогоплательщиков. В частности, в Постановлении ФАС Северо-Западного округа от 02.04.2013 по делу № А42-1576/2012 (Определением ВАС РФ от 08.08.2013 № ВАС-10247/13 отказано в передаче дела № А42-1576/2012 в Президиум ВАС РФ для пересмотра) указано, что суммы НДС, уплаченные налогоплательщиком и не предъявленные контрагентам в составе цены товара (работы, услуги, имущественного права), учитываются в составе налоговых расходов в соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 264 НК РФ.
Таким образом, если компания учтет в составе налоговых расходов доначисленную сумму НДС, существует вероятность судебного спора, при этом решение суда спрогнозировать невозможно.